航海技術學院設有航海技術、水路運輸安全管理兩個專業(yè)。其中?航海技術專業(yè)系國家“雙高”專業(yè)群核心專業(yè)、國家骨干專業(yè)、國家骨干高職院校重點建設專業(yè)和全國職業(yè)院校交通運輸大類示范專業(yè)，系江蘇省品牌專業(yè)、高水平骨干專業(yè)、高水平專業(yè)群核心專業(yè)和成人高等教育重點專業(yè)。